La cattedrale di Cristo Salvatore in pietra bianca con cinque cupole dorate, simile ai templi del Cremlino di Pskov, è stata costruita secondo il progetto dell'architetto Oleg Kopylov. Fino al 1985 non esisteva una sola chiesa ortodossa a Kaliningrad. Le parrocchie aperte nel periodo successivo operavano di norma all'interno di edifici religiosi tedeschi, che avevano bisogno di restauro. Come primo rettore del tempio è stato nominato l’igumeno Merkurij (Ivanov), ora metropolita di Rostov e Novocherkassk, presidente del Dipartimento sinodale per l’istruzione religiosa e la catechesi.
La storia della cattedrale ha inizio il 30 aprile 1995, con la celebrazione del decimo anniversario dell'Ortodossia a Kaliningrad. Quel giorno si svolse una processione religiosa dalla cattedrale dell’Esaltazione della Santa Croce alla Piazza della Vittoria. Dopo il servizio sul luogo della futura chiesa, il metropolita Kirill di Smolensk e Kaliningrad, oggi Patriarca di Mosca e di tutta la Rus’, ha benedetto la prima pietra e una croce di legno di sette metri.
Nel mese di maggio del 1995 è stata scelta la forma della futura chiesa, approvata dal Patriarca di Mosca e di tutta la Rus’ Alessio II. Il 23 giugno 1996, nelle fondamenta della cattedrale, con la partecipazione del primo Presidente della Federazione Russa Boris Yeltsin, è stata posta la capsula con la terra presa sotto le mura della ricostruita cattedrale di Cristo Salvatore a Mosca. Sul finire del mese di giugno 1996, una piccola chiesa di legno è stata costruita accanto al cantiere della cattedrale, rimasta lì fino al 2009, quando è stata smantellata e ricomposta nuovamente nel microdistretto «Selma» di Kaliningrad. Questa chiesa è stata consacrata dal metropolita Kirill di Kaliningrad e Smolensk in onore dell'immagine acheropita del Salvatore. Il primo servizio divino festivo si è tenuto il 27 settembre 1996.
Il 3 luglio 2005 il tempio è stato visitato dal presidente della Federazione Russa Vladimir Putin. Durante la visita, il metropolita Kirill ha mostrato al Presidente l'altare del tempio, ha parlato della storia della costruzione, così come dell'imminente lavoro di decorazione interna del tempio principale della regione.
La chiesa superiore della cattedrale è stata dedicata alla Natività di Cristo e consacrata il 10 settembre 2006 dal Patriarca Alessio II e dal metropolita Kirill, la consacrazione è stata programmata per il 20° anniversario dell'apertura della prima chiesa ortodossa a Kaliningrad. Lo stesso giorno, dopo la sua consacrazione, il tempio è stato visitato dal presidente Putin.
La chiesa inferiore in onore dell’immagine acheropita del Salvatore si trova nel seminterrato dello stilobate ed è stata consacrata il 27 settembre 2007 dal metropolita Kirill di Smolensk e Kaliningrad. L'iconostasi, creata durante la Guerra dei Sette Anni per la guarnigione russa a Memel (ora Klaipėda), è stata trasferita nel tempio nel 1996 dalla fratellanza del santo principe Vladimir dalla Germania. Su suggerimento dell’allora presidente di questa fraternità, Gleb Rahr, la chiesa inferiore è un tempio commemorativo in memoria dei soldati russi morti nella Guerra dei Sette Anni, nelle Guerre napoleoniche, nella Prima e Seconda guerra mondiale nella Prussia orientale, l'attuale regione di Kaliningrad.