Il monastero stavropigiale di VysokoPetrovka è stato fondato negli anni 1315-1316 da San Pietro di Mosca, il metropolita di Kiev, di Mosca e di tutta la Rus’ che trasferì la sede episcopale da Vladimir a Mosca. Si trova nella zona di Belyj Gorod a Mosca, che domina il colle da cui la via Petrovka scende verso il Cremlino e la Piazza Rossa.
Originariamente nel territorio del monastero esisteva la chiesa in legno dei Santi Apostoli Pietro e Paolo. Dopo la morte di San Pietro nel 1326 e a seguito della sua canonizzazione, la chiesa è stata dedicata al fondatore del monastero. Fu allora che la santa dimora prese il nome di Vysoko-Petrovka.
Dopo la battaglia di Kulikovo (1380), il principe Dmitrij Donkoj fece costruire nel territorio del monastero un'altra chiesa in legno in onore dell’icona della Madre di Dio di Bogoljubovo. Con Vasilij III (1479-1533), figlio di Ivan III, il monastero è stato in gran parte ricostruito, sul luogo della demolita chiesa in onore dell’icona della Madre di Dio di Bogoljubovo fu costruita la chiesa in legno dell’Intercessione della Madre di Dio, e negli anni 1514-1517 l’architetto italiano Aloisio il Nuovo al posto della chiesa in legno fece costruire la chiesa in pietra di San Pietro.
In occasione della nascita di Pietro I (30 maggio 1672), al monastero fu donata la tenuta del principe Kirill Poluektovich Naryshkin, nonno di Pietro il Grande, adiacente alle mura meridionali del monastero.
Nel biennio 1680-1690, con decreto di Pietro I, a spese della tesoreria dello Stato e dei boiardi Naryshkin, al posto degli edifici in legno sono stati costruiti quelli in pietra: a nord - la cattedrale in onore dell’icona della Madre di Dio di Bogoljubovo (1684-1686), la chiesa di San Sergio di Radonež (1690-1692, 1702), la porta santa con la chiesa dell’Intercessione della Madre di Dio e la torre campanaria a due livelli su di essa (1690-1696), e la casa dell’abate (1688-90); a sud - le celle dei monaci con la chiesa domestica (1690-1692). Il territorio del monastero fu recintato da mura possenti, che chiudono il complesso architettonico.
Negli anni 1744-1750, con i fondi della principessa Natalia Alexeevna Naryshkin, sorella di Pietro il Grande, è stato costruito il tempio in onore dell’icona della Madre di Dio di Tolga.
Nel biennio 1750-1755, sopra la porta sud del monastero è stata edificata la chiesa di San Pacomio il Grande, consacrata successivamente ai Santi Apostoli Pietro e Paolo nel 1914. Alla fine del XVIII secolo, presso la cattedrale in onore dell’icona della Madre di Dio di Bogoljubovo è stata costruita la tomba dei Naryshkin.
Nel 1905, a sud della Porta Santa è stata costruita la cappella in onore dell'icona della Madre di Dio di Kazan’, dove si legge continuamente l’Akathistos alla Theotókos. La cappella è sopravvissuta fino al 1928.
Nel 2000-2001 sul sito dell’ex cappella è stato costruito il tempio in pietra in onore dell’icona della Madre di Dio di Kazan’.
Nel 1929 il monastero fu chiuso. Nel 1992 alcuni edifici sono stati restituiti alla Chiesa ortodossa russa. Nel 2005 gli edifici sono stati divisi fra la Chiesa ortodossa russa ed il Museo della Letteratura di Mosca (Museo Pushkin).
Nel 1980, su progetto dell'architetto Boris Dedushenko, il complesso del monastero è stato in gran parte restaurato secondo la sua architettura originale dei secoli XVII e XVIII.
Nel 1993, al monastero è stato attribuito lo status stavropigiale, di obbedienza patriarcale.
Negli ultimi tempi la cattedrale di San Pietro è stata sottoposta ad un accurato lavoro di restauro, al termine del quale il 6 settembre 2014 Sua Santità il Patriarca di Mosca e di tutta la Rus’ Kirill ha eseguito il rito della grande consacrazione del tempio. La celebrazione è coincisa con il 500° anniversario della costruzione del tempio e con la «Giornata di San Pietro - Pietro di Mosca», dedicata alla memoria del metropolita di Kiev, di Mosca e di tutta la Rus’.
Nel 2015, con la celebrazione del 1000° anniversario del riposo del santo principe Vladimir, il fondatore della Santa Rus’, iniziano anche le celebrazioni per il 700° anniversario della fondazione del monastero, che si concludono nel 2016, anno di indizione del Santo e Grande Concilio della Chiesa ortodossa.